پیرو دیدار جمعی از فضلا و نخبگان علوم عقلی حوزه علمیه قم با مقام معظم رهبری حضرت آیت الله العظمی خامنه‌ای «مدظله العالی» در زمستان سال 1382 و تأکید معظم له بر ضرورت و اهمیت علوم عقلی و لزوم تشکیل انجمن یا مجمعی که مرکزیت علوم عقلی را در حوزه علمیه بر عهده داشته باشد، جمعی از اساتید علوم عقلی با تشکیل جلسات متعدد راه‌کارهای تحقق اهداف و منویات معظم له را بررسی کرده نموده، که جهت تأسیس مجمع عالی حکمت اسلامی اقدامات ذیل صورت گرفت:

 - برگزاری جلسات ابتدایی جهت طرح و بررسی چگونگی شروع کار و مسائل مربوط به آن.

 - دیدار با حضرات آیات: جوادی آملی، سبحانی و مصباح یزدی «دامت برکاتهم» و بهره جستن از رهنمودهای کارساز اساتید معظم و تقاضای پذیرش اشراف و نظارات کلی بر کار مجمع عالی که بحمدالله مورد موافقت حضرات اساتید واقع گردید.

 - جمع‌آوری آراء و نظرات اساتید و نخبگان علوم عقلی (به طور حضوری و غیر حضوری) در خصوص چگونگی انجام کار، نوع تشکّل و...

 - تهیه پیش نویس اساسنامه؛ طی جلسات متعدد بیش از ده جلسه با حضور جمعی از اساتید و نخبگان، پیش نویس اساسنامه مجمع عالی تدوین و در معرض نقد و بررسی صاحب نظران قرار گرفت و در نهایت پس از بررسی نظرات مختلف اساسنامه به تصویب رسید.

 - اساسنامه مصوّب جهت تایید نهایی تقدیم ناظران محترم گردید که به تایید و تصویب نهایی رسید.

 - تعیین هیأت مؤسس توسط حضرات آیات: جوادی آملی، مصباح یزدی و سبحانی «دامت برکاتهم» مطابق با ماده 27 اساسنامه.

 - دیدار اعضای هیئت مؤسس با اساطین و ناظران محترم عالی جهت بهره گیری از نظرات ارزشمند حضرات در راستای شروع فعالیت مجمع عالی

 - دیدار هیأت موسس مجمع عالی با برخی از مراجع معظم تقلید «حفظهم الله» و تأیید و تأکید آنان بر ضرورت وجود مجمع.

 - دعوت از نخبگان و اساتید علوم عقلی مطرح در حوزه در جلسات متعدد

 - تشکیل اولین مجمع عمومی جهت انتخاب هیأت مدیره

  و ... .

  از این رو مجمع عالی حکمت اسلامی با هدایت مقام معظم رهبری «مدظله العالی» و تحت اشراف حضرات آیات جوادی آملی، سبحانی و مصباح یزدی «دامت برکاتهم)، پس از تعیین هیأت مؤسس توسط ناظران محترم عالی و انتخاب هیأت مدیره توسط مجمع عمومی، از اسفند ماه 1384 فعالیت رسمی خود را با برگزاری اولین نشست از سلسله نشست‌های کرسی نظریه‌پردازی با موضوع حرکت در مجردات آغاز نمود.

این مجموعه در حال حاضر با بیش از 145 عضو پیوسته از سطوح عالی حوزه و دانشگاه (سطح 4 و دکتری) ظرفیت بی‌نظیری را برای تعمیق و گسترش بنیان‌های معرفتی دنیای اسلام و تامین زمینه‌های مناسب جهت تولید علوم انسانی مورد نیاز تمدن اسلامی دارد و در چند سال گذشته گام‌های مناسبی را جهت فعال نمودن گروه‌های علمی تخصصی (فلسفه، معرفت‌شناسی، فلسفه اخلاق، فلسفه دین، فلسفه علوم انسانی،فلسفه حقوق، فلسفه سیاسی،کلام و عرفان) برداشته است. برگزاری نشست‌های علمی، دوره‌های آموزشی، گردهمایی سالیانه اساتید علوم عقلی و پایگاه اطلاع‌رسانی، انتشار کتاب، مشارکت در برگزاری هرچه بهتر همایش‌های علمی بویژه کنگره روز جهانی فلسفه در جمهوری اسلامی ایران در سال 2010، نشر خبرنامه حکمت اسلامی، راه‌اندازی واحد مشاوره علمی، اجرای طرح جایگاه‌شناسی حکمت اسلامی، تولیدات رسانه‌ای و... از جمله اقداماتی بوده که تاکنون صورت گرفته است.

مجمع عالی حکمت اسلامی